0
Изучение генных характеристик респираторно-репродуктивного синдрома свиней (РРСС) показало, что в данный момент в мире циркулируют два генотипа вируса-возбудителя – европейский (тип 1) и североамериканский (тип 2). Вирус РРСС содержит 15-килобитный геном, кодирующий структурные белки в 3-футовом отрезке.
В 2013 г. в Диагностическую ветеринарную лабораторию при Департаменте сельского хозяйства Огайо с одной из ферм штата поступили шесть образцов крови свиней, страдающих тяжелыми респираторными заболеваниями. Методом ПЦР в реальном времени было установлено, что все они положительны на вирус РРСС. Значения, полученные с помощью компьютерной томографии (КТ), во всех образцах располагались в диапазоне от 15,85 до 28,38. Изоляция вируса проводилась с использованием клеточной линии MARC-145. Цитопатический эффект проявился на 4-й день после инокуляции. Было проведено полное геномное секвенирование всех образцов. Полный геномный анализ показал, что последовательности нуклеотидов данного штамма РРССВ (OH28372) соответствуют штаммам, информация о которых содержится в базе GenBank (включая XW001 и NADC30), на 92% и меньше. Нуклеотидное соответствие гена ORF5 штамма OH28372 другим последовательностям, информация о которых есть в GenBank составило 96%. Кроме того, OH28372 обладает делецией 13 нуклеотидов в 3-футовом нетранслируемом геноме. Как и геномный анализ, филогенетическое исследование полного генома показало, что OH28372 более близок к двум свежим штаммам (XW001 и NADC30) североамериканской линии.
Данное исследование подтверждает важность непрерывного мониторинга эволюции вируса РРСС с использованием геномного секвенирования.
L. Wang, Y. Zhang. Геномное секвенирование и анализ нового изолята вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней из Огайо: вирус продолжает меняться. Североамериканский симпозиум по РРСС, 2014.