0
Исследователи из Отделения здоровья и анатомии животных из Центра исследования здоровья животных (Автономный университет Барселоны, Беллатерра), Национального ветеринарного института (Технический университет Дании), Института Пирбрайт (Великобритания), а также из Центра исследований в области питания и развития (CIAD AC, Мексика) изучили полноразмерную последовательность генома с целью определения потенциальных точек рекомбинации на протяжении вирусного генома. Для ОРС5 были в отдельности проанализированы 11 наборов последовательностей в генотипе 1, собранных из различных географических мест, включая два азиатских, один американский и 7 европейских регионов, а также 3 набора генотипа 2, из таких стран, как Китай, Мексика и Соединенные штаты Америки.
Потенциальные точки рекомбинации были обнаружены в 10 из 11 наборов последовательностей генотипа 1, из которых в 9 случаях кластеризация по крайней мере одного изолята отличалась до и после рекомбинации. В генотипе 2 наличие потенциальных точек рекомбинации, а также образование различных кластеров с древовидной структурой у хотя бы одного штамма до и после точки рекомбинации наблюдалось в 2 из 3 наборов. Результаты показали, что большинство данных по ОРС5 содержало по крайней мере одну рекомбинантную последовательность. При анализе полноразмерных последовательностей генома в наборах последовательностей и с генотипом 1, и с генотипом 2 были обнаружены точки рекомбинации (10 и 9 соответственно), что привело к выделению довольно отличных друг от друга типологий до и после точек рекомбинации. Образование геномов с мозаичной структурой наблюдалось в последовательностях генотипа 1.
Вирус РРСС является одним из самых серьезных вирусов, влияющих на свиноводство по всему миру, вызывая огромные экономические потери и санитарные проблемы. Один из ключевых вопросов, связанных с вирусом РРСС, обусловлен генетическим многообразием вируса, что как представляется, непосредственно влияет на иммунобиологию, эпидемиологию, диагностику и эффективность вакцинации. Одной из причин такого генетического многообразия является рекомбинация между штаммами. Данное исследование подтверждает, что рекомбинантные изоляты вируса РРСС распространены в большинстве стран с высоким уровнем производства свинины, особенно вирус РРСС генотипа 1. Это наблюдение предполагает необходимость тщательного исследования характеристик штаммов вируса РРСС, последующего расширения филогенетических исследований, а также развитие новых стратегий контроля вируса РРСС. Кроме того, в рассматриваемой статье подчеркивается необходимость более глубокого осмысления механизмов и условий возникновения генетического многообразия вируса РРСС.
Martín-Valls GE, Kvisgaard LK, Tello M, Darwich L, Cortey M, Burgara-Estrella AJ, Hernández J, Larsen LE, Mateu E. Analysis of ORF5 and Full-Length Genome Sequences of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus Isolates of Genotypes 1 and 2 Retrieved Worldwide Provides Evidence that Recombination Is a Common Phenomenon and May Produce Mosaic Isolates. J Virol. 2014 Mar;88(6):3170-81.