0
Научная статья
Журнал общей вирусологии. 2015 июль; 96 (Часть 7): 1830-41. Цифровой идентификатор объекта: 10.1099 / vir.0.000100. Электронная публикация: 23 февраля 2015 г. Глобальный молекулярно-генетический анализ последовательностей цирковируса свиней 2-го типа (ЦВС-2) подтверждает наличие четырех основных генотипов ЦВС-2 и показывает стремительный рост ЦВС-2d. Сяо Ч.Т., Холбур П.Д., Оприссниг T.
Что они изучают?
Для оценки филогенетического отношения штаммов ЦВС-2 1680 открытых кадров считывания 2 (ОРС2) последовательностей ЦВС-2 были сопоставлены и проанализированы с использованием различных статистических методов.
Как они это изучают?
1537 ОРС2 генетических последовательностей ЦВС-2, которые были размещены до февраля 2014 года в глобальной геномной базе данных в «GenBank», имеющей доступ через Интернет, а также 143 дополнительных последовательности ОРС2 из базы данных диагностической лаборатории Государственного университета штата Айова (т.е. в общей сложности 1680 последовательностей ОРС2) были использованы для филогенетических анализов ЦВС-2.
Каковы результаты?
Исследование подтвердило, что ЦВС-2 можно разделить на 4 основных подтипа: ЦВС-2a, ЦВС-2b, ЦВС-2c и ЦВС-2d. Кроме того, авторы описывают 6 небольших промежуточных филогенетических ветвей между этими подтипами. Кажется, что одна из этих промежуточных филогенетических ветвей ограничена Азией. Тем не менее, штаммы этой филогенетической ветви сообщаются на постоянной основе, что предполагает, что ее можно рассматривать как активную филогенетическую ветвь. Другие промежуточные филогенетические ветви включают только очень ограниченное количество штаммов и поэтому могут считаться неактивными. Они могут соответствовать небольшим, исчезающим группам штаммов, демонстрирующим пониженную приспособляемость; промежуточным, эволюционирующим вирусным штаммам; или опытным искусственным образцам. ЦВС-2c кажется вымершей группой вирусов. Принадлежность отдельных штаммов к разным генотипам и промежуточным филогенетическим ветвям иногда зависела от используемой статистической модели и от числа эталонных штаммов, используемых для анализа.
Результаты также подтверждают, что произошли два основных сдвига от одного подтипа к другому: в 2003 году, до использования вакцин против ЦВС-2, от ЦВС-2a до ЦВС-2b, и второй сдвиг, от ЦВС-2b к ЦВС-2d, имевший место в США, например, произошел в основном в период с 2011 по 2014 гг.
Дальнейшие филогенетические тесты показывают, что как ЦВС-2b, так и ЦВС-2d развивались независимо друг от друга в течение более 20 лет. Кроме того, в каждом подтипе происходит постепенное генетическое расхождение. Причина, почему ЦВС-2 обладает высокой скоростью мутации, а также таким высоким генетическим разнообразием, которое является типичным для ДНК-содержащих вирусов, неизвестна. Также неизвестна причина продолжающегося появления штаммов и наблюдаемых изменений генотипа. Первый сдвиг произошел до начала использования вакцин против ЦВС-2.
Какие выводы сделаны из этой работы?
Это исследование демонстрирует, что ЦВС-2 эволюционирует намного быстрее, чем другие ДНК-содержащие вирусы, и его разнообразие шире. Отрасль свиноводства должна дополнительно проводить мониторинг процесса развития ЦВС и определять его пригодность для контроля заболеваемости ЦВС.
|
Практический взгляд Энрика МаркоМы никогда не перестаем учиться и удивляться. Мы узнали, что ДНК-содержащие вирусы гораздо более стабильны, чем РНК-содержащие вирусы, и поэтому их эволюция менее динамична. Однако, похоже, это не так, когда дело касается ЦВС-2. Не смотря на то, что это было известно только в течение нескольких лет (первая последовательность получена из образцов 1967 года), правда состоит в том, что этот вирус не прекращал эволюционировать. Его генотип не переставал меняться, даже если смысл этой динамики в практических или прикладных терминах не ясен. Выводы статьи, по-видимому, свидетельствуют о том, что большее присутствие генотипа ЦВС-2d будет связано с широко распространенным применением вакцин, поскольку большинство его изолятов происходят из образцов, взятых на фермах с клиническими проблемами, несмотря на использование вакцины. Это совпадение распространило убеждение среди некоторых групп ветеринаров, что вакцины не защищают в равной степени от всех обнаруженных генетических типов ЦВС-2. Я думаю, будет справедливо сказать, однако, что в статье ничего подобного не утверждается. По сути дела, один из ее авторов опубликовал не одну статью, демонстрирующую эффективность коммерческих вакцин на основе генотипа ЦВС-2a над другими, включая ЦВС-2d. Неудивительно, что большинство новых генотипированных изолятов происходят из образцов, собранных на фермах с клиническими проблемами, хотя их животные проходят вакцинацию. Если проблем нет, то и нет необходимости брать образцы. С другой стороны, фермы, имеющие проблемы, скорее всего, применяют коммерческую вакцину. Когда мы сталкиваемся с ситуациями, в которых у свиней присутствуют симптомы, свидетельствующие о цирковирусе, вакцинация является первой мерой, которую мы все применяем (даже до проведения любых диагностических тестов). И когда вакцинация уже имеет место, мы проверяем, что она делается правильно, поскольку мы удивлены, что вакцины терпят неудачу при их настолько высокой эффективности. В статье подчеркивается эффективность текущих диагностических тестов. Эти тесты позволяют обнаружить небольшие изменения в геноме вируса и, несмотря на их ограничения, даже установить хронологический порядок в возникновении этих изменений, что помогает нам установить отношения генетической близости или удаленности между различными изолятами. К сожалению, специфическая связь между генотипом и фенотипом не всегда известна, и это один из таких случаев. Генетические изменения могут быть или не быть связаны с антигенными изменениями и / или изменениями в патогенезе, но на данный момент и в данном конкретном случае, мы этого не знаем. Нам придется ждать, пока наука продвинется вперед и развеет сомнения, которые у нас остались относительно ЦВС-2. |
