Доступные анализы
Полимеразная цепная реакция (ПЦР)
- Обнаруживает наличие определенной последовательности вирулентной нуклеиновой кислоты (РНК).
- Типы образцов: ткани, кровь, сыворотка, ротовые жидкости, и т.д.
- Преимущества:
- Одновременное использование различных праймеров для выявления РРСС типа 1 (европейский) и типа 2 (североамериканский) в одном образце
- Очень высокая чувствительность (может выявить малейшее количество вируса).
- Раннее выявление – острые формы заболевания должны быть положительными
- Использование множества различных видов образцов (ткани, кровь, сыворотка, ротовые жидкости и т.д.)
- Умеренная стоимость:
-
- Зачастую можно объединить 5 образцов сыворотки и ткани для снижения стоимости и минимизации потери чувствительности.
- Часто не объединяют ротовые жидкост из-за ожидаемых высоких пороговых значений (пониженная концентрация вируса), что может привести к существенному снижению чувствительности.
- Недостатки:
-
- Во избежание ложно негативных результатов лаборатории должны периодически обновлять праймеры.
- Необходимо обновлять праймеры как для РРСС типа 1, так и типа 2.
- Для дифференциации вакцинного и дикого вируса необходимо секвенирование.
- Во избежание ложно негативных результатов лаборатории должны периодически обновлять праймеры.
Иммуноферментный анализ (ИФА)
- Обнаруживает наличие антител.
- Типы образцов: сыворотка и ротовые жидкости (для некоторых наборов)
- Преимущества:
-
- Большинство наборов выявляют антитела как для РРСС типа 1, так и типа 2
- Животные остаются положительными в течение нескольких месяцев (3-12).
- Могут использоваться при хроническом заболевании
- Недостатки:
- Выявление специфических антител и время выявления могут немного варьироваться в зависимости от доступных коммерческих наборов.
- Для того, чтобы животные стали серопозитивными требуется 7-10 дней
- Невозможно определить разницу между материнскими антителами и контактными.
- Невозможно дифференцировать вакцинный и дикий вирус.
Иммуногистохимия (ИГХ)
- Выявляет наличие вирусного антигена
- Типы образцов: ткани
- Преимущества:
-
- Выявляет вирус в месте поражения (хорошее доказательств причинно-следственной связи)
- Может выявить низкую, среднюю или высокую концентрацию вируса.
- Недостатки:
-
- Необходимо предоставить корректный образец ткани.
- По сравнению с ПЦР для выявления необходимо большее количество вируса
- Оценивает только маленький образец ткани.
Генетическое секвенирование
- Секвенирует генетические нуклеиновые кислоты вируса (РНК).
- Типы образцов: ткани, кровь, сыворотка, ротовые жидкости и т.д.
- Преимущества:
-
- Могут дифференцировать вакцинный и дикий вирус
- Может помочь дифференцировать новый появившийся вирус от существующего или прошлых вирусов.
- Недостатки:
-
- Дорогой
- Обычно секвенирует только ORF5, т.е. 600 из примерно 15 000 основных пар.
- Образцы с высоким пороговым значением (> 34) сложнее секвенировать.
Таблица 1. Успешное секвенирование, основанное на методе расчета пороговых значений цикла ПЦР для РРСС из образца ротовых жидкостей. Таблица подготовлена Chris Rademacher и др. 2016.
Образец | Пороговые значения ПЦР | Общее количество исследуемых образцов | Кол-во секвенированных образцов | % Образцов с положительным секвенированием |
---|---|---|---|---|
Все образцы | <30 | 2016 | 2013 | 99.85 |
30.00-31.99 | 389 | 361 | 92.80 | |
32.00-33.99 | 324 | 265 | 81.79 | |
34.00-35.99 | 185 | 109 | 58.92 | |
36.00-37.00 | 65 | 26 | 40.00 |
Косвенная иммунофлюоресценция (ИФА)
- Выявляет наличие антител
- Типы образцов: сыворотка
- Преимущества:
-
- Наравне с ПЦР может выступать в качестве подтверждающего теста для неожиданных положительных результатов ИФА.
- Наравне с ПЦР может выступать в качестве подтверждающего теста для неожиданных положительных результатов ИФА.
- Недостатки:
-
- Невозможно для большого количества образцов
- На результат влияет изолят вируса, использованный для анализа.
- Надежность в большой степени зависит от технических навыков.
Интерпретация результатов
ПЦР
- Положительный – Вирус присутствует/циркулирует, что с высокой степени вероятности говорит о причинно-следственной связи, особенно при низких пороговых значениях и наличии клинических признаков. Недавняя вакцинация модифицированной живой вакциной может привести к положительным ПЦР результатам.
- Отрицательный – отсутствие вируса или отрицательный результат при наличии вируса, если тестирование проводится по прошествии большого количества времени после заражения.
ИФА
- Положительный – Материнские антитела или контакт в прошлом (обычно> 7-10 дней после контакта) с вакцинным или диким вирусом.
- Отрицательный – отсутствие вируса или для выявления прошло слишком мало времени после инфицирования (обычно должно пройти 7-10 дней после контакта).
ИГХ
- Положительный – вирус присутствует в месте поражения
- Отрицательный – отсутствие вируса либо отрицательный результат при наличии вируса, если тест проводится по прошествии большого количества времени после заражения.
Генетическое секвенирование
- Вакцинный вирус – ожидаемая гомология - > 99%
- Дикий вирус – ожидаемая гомология снижается на 1-2% в год.
ИФА
- Положительный - Материнские антитела или контакт в прошлом (обычно> 7-10 после контакта) с вакцинным или диким вирусом.
- Негативный - отсутствие вируса или для выявления прошло слишком мало времени после инфицирования (обычно должно пройти 7-10 дней после контакта).
Сценарии
Аборты у свиноматок/свинок
- Абортированные плоды: Соберите 6-8 плодов и проведите общий ПЦР анализ. Только около 50% абортированных плодов будут ПЦР-положительными (поэтому необходимо провести анализ большого количества плодов), но у положительных образцов обнаружится высокая концентрация вируса, поэтому их можно объединять в группы по 10 для ПЦР анализа
- Абортирующие свиноматки/свинки: Соберите сыворотку свиноматок/свинок, у которых недавно случился аборт (< 10 дней) для ПЦР анализа. Можно объединить в группы по 5. ИФА-анализ будет бесполезен, так как обычно для того, чтобы стать серопозитивными наивным свиноматкам/свинкам требуется 7-9 дней.
Репродуктивные проблемы у свиноматок/свинок
- Соберите 15-20 образцов от животных с репродуктивными проблемами и 15-20 от животных, у которых данные проблемы отсутствуют и протестируйте с помощью ПЦР (можно объединить 5-6 образцов) или ИФА (каждый по отдельности).
Слабые поросята при опоросе
- Можно собрать семейные ротовые жидкости от слабых поросят нескольких пометов и протестировать с помощью ПЦР.
- Можно собрать тестикулы (если кастрируются), хвосты, ткани языка (мертвые поросята) от поросят из различных пометов. Для тестирования можно объединять большое количество образцов.
- Соберите образцы сыворотки от 10 пораженных пометов отобрав 2-3 поросенка из помета и протестируйте с помощью ПЦР, объединив 5-6 поросят. Убедитесь, что поросята не вакцинировались против РРСС.
Поросята на доращивании с острыми клиническими признаками РРСС
- Соберите ротовые жидкости с 4-6 различных станков и протестируйте индивидуально с помощью ПЦР. Не объединяйте образцы для тестирования.
- Соберите 15-30 рандомных образцов сыворотки от поросят с клиническими признаками и протестируйте с помощью ПЦР. Для анализа можно объединить в группы по 5-6.
Поросята на доращивании с хроническими признаками РРСС
- Соберите ротовые жидкости с 4-6 различных станков и протестируйте индивидуально с помощью ПЦР. Не объединяйте образцы для тестирования. Можно также использовать ИФА-анализ
- Соберите 30 рандомных образцов сыворотки от поросят с клиническими признаками и протестируйте с помощью ПЦР. Для анализа можно объединить в группы по 5-6. Для подтверждения контакта можно использовать индивидуальное тестирование образцов с помощью ИФА-анализа.